真气丧失、阴阳失衡
内丹学非常重视人体阳气的作用，元阳真气的丧失是导致疾病的原因。
《灵宝毕法·匹配阴阳第一》云：“自胎元气足之后，六欲七情，耗散元阳，走失真气。虽有自然之气液相生，亦不得如天地之升降。”
当一个人的胎元气足后，七情六欲会消耗元阳，导致真气流失。虽然人体内有自然的气液相生，但它不能像天地一样升降流转。当元阳真气耗散时，会导致人体内心肾气液升降失调，进而影响全身气机的升降。人体阴阳需要符合“阴平阳秘”的动态平衡原则。
《灵宝毕法·聚散水火第二》云：“人之致病者，惟阴阳不和，阳微阴多，故病多。”
人体生病的原因，就是因为阴阳失衡，阳气不足而阴气过盛，所以疾病也就更容易发生。由于个体整体性的阴阳关系失调，自然疾病丛生。
水火不交、外邪入体
就心肾水火关系而言，心肾水火不交会导致外邪侵入人体，从而引发疾病。
《养生秘录·中黄内旨》云：“今之人盖火燥炎上，水湿润下，自勾引阴邪之气，乘间而入，令人多病寿夭。”
人体内火气旺盛，容易引起燥热和炎症，而水分则偏向于湿润下降。这种情况会吸引阴邪之气乘虚而入，导致人们患上各种疾病，甚至缩短寿命。由于水火不交而致阴阳失调，“阴邪之气”与体内的“湿滞之气”，二阴相并成为致病因素。
七情六欲、神气分离
唐代谷神子裴铏《道生旨》中指出了常人得病之病因在于先、后天神气分离，云：
“将荤血为滋味，以艳容为欢娱。罪根既深，神彩益浊，岂三魂之宁谧？被五贼之战争。以恍惚而畅怀，及其喜乐，俄悼亡而感物，过甚悲伤。振荡命门，坏坠元气。虚赢渐逼，岂异尸居？枯稿欲来，何难骨立？盐梅销铄，寒暑煎熬。既非金石之身，须示风霜之鬓。大患拟作，微躯岂安？步步就死，兀兀不知。”
如果人长期沉迷于肉欲和美色，这样的危害是很大的。罪恶根深蒂固，会让人的精神越来越浑浊，三魂丧失宁静。人们被五贼（五脏）之间的战争所困扰，在恍惚茫然中得快乐是且快乐。但喧闹过后，很快就会感到悲伤和失落。这种情绪波动会破坏人的命门和元气，使人的身体逐渐虚弱，就像行尸走肉一样。
时间一长，人们的身体会像枯木一样干燥，难以承受寒暑的煎熬。人类不是金石之身，必须面对岁月的风霜。这些问题会导致人们的身体和精神都处于危险之中。最终，人们会步步走向死亡，而毫无察觉。
人类生病的根源在于无法控制后天生活。由于贪欲和情感过度，会对身体内的元气造成伤害，导致人们逐渐走向死亡，却毫无察觉。
裴铏继续从人的生命先、后关系分析上述生命过程，探寻其发病之根本，云：
“然神自离其母后，更不复到本来凝结之处。盖人渐被五味沉之而不清冷，神虽同用，炁虽同行，终不释却相养、却相城，但相反尔！今以子母相离本者，盖缘未有窟宅，诸体尚阙，所以事须相离而各造化。及其彼此安稳，更不相吊省，岂有子母得为顺序哉！金言心为气马，但意到则气到。今人或偶使气到诸处，则不释到根本从来相合处耳。”
自从人的神离开母体后，就再也不会回到最初凝聚的地方。这是因为人们渐渐被五味沉迷，无法保持神原始的清明。虽然神和气都在，但却可能不是相互滋养，而是相互排斥。
就好比是母子分离，有些人的神、气还没有找到真正的栖息之所，所以它们相互分离、各自为政。如果神、气都能彼此安定下来，就不会相互斗争，也就没有先后天之分了。有句话说得特别好，心是气的马，意念到了气才会到达。现在的人都是让气到处流动，却不能回到最初相合的根本处。
“修道之士，不可不留意焉。脾去肾近者，其神虽都于心，亦寄位于精中，养其体，润其性，保其骨髓，使其坚强，人之寿考，神亦得久安于人体中矣！凡人临危险而毛发寒竖者，是神恐伤其窟宅尔。”
修道之人务必要留意着一点。脾和肾关系密切，虽然神在心中，但也寄宿在精中，肾为先天之本，养护身体，滋润性情，保护骨髓，使之坚强。人的寿命长短与神在体中的安稳有关！当人面临危险时，身上的毛发会竖起来，这就是神担心自己的居所受到伤害的表现。
“所言精者，积津气而成，若动摇而出，则神不安，为滑而决泻，减耗神之用也。精之既竭，神亦耗尽，微微然渐与初来相类。然心气既壮，水气又盛，人体坚强，五味薄铄，则气与神不想当。既而无恋，求往不得，欻然而去归空。水气既无阳气管摄，亦便散也。二物既去，则人体倾去，谓死即无所知也。”
所说的精，是积聚的津液和气所形成。如果它被动摇或流失，神就会不安，会导致身体失去平衡，也是在消耗神。当精气耗尽时，神也会消耗殆尽，会变得越来越虚弱。天生的气会随着时间的推移而消耗，这会导致人体内后天的阴气逐渐增多，这就是所谓的“水气又盛”。
同时，后天的阴气不断增加，损耗人体内真正的阳气，导致身体内的“气与神不相当”。这样，先天元神就会“既而无恋”，又“求住不得”，最终“欻然而去”，形神分离，生命也就结束了。
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裴铏通过探究先天和后天神气之间的关系来研究疾病的成因。他认为，在后天的生命过程中，神气虽然“同用”、“同行”，但却未能“相养”、“相成”。这个根本原因在于后天的贪欲和七情过于强烈，导致“心气既壮”，身体内的精气“动摇而出”，流失过多，神失去了养分而“不安”，随之耗散。
七情分别是喜、怒、忧、思、悲、恐、惊，为感情的表现或心理活动；而六欲是指人的眼、耳、鼻、舌、身、意的生理需求或愿望。中医讲到，人食天地之气而生，内伤于“喜怒忧思悲恐惊”这七情，外伤于“风寒暑湿燥火”这六淫，再加上人对六欲的不当指使，疾病自然而来。
